Mit am Einsteigerfreunlichsten ist wohl
Any Video converterSchön übersichtlich, deutsch, umsonst und funktioniert sofern du nichts großartig einstellen musst.

Unterstützte Dateiformate:
Öffnen: avi, wmv, asf, dvr-ms, ms-dvr, mov, mp4, 3gp, 3g2, m4v, qt, rm, rmvb, flv, f4v, mkv, avs, m2ts, mts, m1v, mpe, mpg, mpv, dat, m2v, mpe, mpg, mpv, vob, ts, tp, divx, ogm, ogv, vro,dv, amvv
Speichern: mp4, flv, swf, mpg (MPEG-1 und MPEG-2), avi, wmv, mkv, mp3, wma, ogg, aac, m4a, wav
P.S. Sinnvoll wäre übrigens zu erwähnen, was das Ausgangsmaterial ist.
EDIT: Das von Larry angesprochene "mkvmerge" heisst übrigens mittlerweile "MKVToolnix" und gibts auch in Deutsch; allerdings schon wesentlich komplexer in der Bedienung.